據傳孜珠寺最早的歷史可追溯到二、三千年以前。現今的孜珠寺是苯教著名的高僧鄧寧波和仁僧康珠於十四世紀中期再度興建和修復的，距今已有700多年的歷史。「孜珠」意味六座山峰。這裡山勢險峻、六峰相連，山上修行洞遍佈。孜珠寺就建在最大的山峰腳下，氣勢威嚴。這是康區一帶規模最大、教徒最多、苯教儀軌保留較完整的寺廟之一。 每年藏曆四月十五的薩噶達瓦節，這裡都會舉行隆重的神舞表演和轉山節，該寺的古老的跳神藝術「瀉朝」裸體神舞，是整個藏區獨有的。
