1892年畢業後,由於當時的西醫書院畢業生還不能在香港行醫,孫中山就到澳門去另闖天地。孫中山進入鏡湖醫院,成為澳門第一個華人西醫。他因為治好了一些士紳家人的頑疾,名聲鵲起,於是在1892年秋冬便自立門,在仁慈堂右街開設醫館,又在草堆街84號開設中西藥局接診。
在居澳行醫期間,曾在風順堂的房屋居住。辛亥革命成功之後,孫中山曾幾次回到澳門。1918年,他的長兄孫眉在望廈龍田村建了一座小洋樓給孫中山一家居住。1930年夏,對面山邊的澳門政府火藥發生爆炸,孫中山的故居也被波及損毀。事後,澳門政府對孫中山故居作出賠償,當時任廣東省財政廳長的孫科再加上銀元9萬,重建了孫中山故居。 這座樓房,就是現在的澳門國父紀念館。
孫中山始終認為自己“醫國”的責任比“醫人”重要。1893年孫中山離開澳門轉往廣州行醫,最初在雙門底的聖教書樓懸牌開業,後來又到西關的冼基巷開了一間“東西藥局”。在這期間,他與尤列、陸皓東、區鳳墀等志同道合的老友常有來往,又結交了愈來愈多的朋友。新知舊雨時常聚在一起針砭時弊,談論國事。為了不引起清政府的注意,他們會更換聚會地點。除了東西藥局外,城南廣雅書局的「抗風軒」也是他們的聚會寶地。在這抗風軒,孫中山提出了成立一個救國團體,得到朋友們的贊同。繼而,孫中山、陸皓東、尤列、鄭士良、程璧光等人在抗風軒擬定了「驅除韃虜,恢復中華」的宗旨;一年後,影響中國命運的興中會誕生了。